随后，张贵人谎称皇帝于睡梦中“魇崩”。中书令王国宝深夜前来，叩打禁宫的大门，打算进去替皇帝撰写遗诏，被王恭之弟侍中王爽阻止。而当时司马道子（已徙封会稽王）也终日声色犬马，由其子司马元显执政，这对父子原本就站在孝武帝的对立面，正当主相相持中被孝武帝一方压制，对孝武帝之死求之不得，因而对张贵人不予追究。[17]皇太子司马德宗即位，是为晋安帝，晋安帝的智力残疾程度甚于晋惠帝，自然也不会追究父皇之死。史学家吕思勉怀疑孝武帝以酒后戏言而被张贵人所弑乃真凶散布的谣言，但他被宫人弑杀应属无疑，从而暗示孝武帝之死很可能是司马道子父子及其党羽王国宝等人策划的阴谋。

司马曜死后，谥号孝武皇帝，庙号烈宗，与孝武定皇后王法慧共葬于隆平陵（今JS省NJ市钟山之梅花山）。

为政举措

政治

孝武帝当政的最大亮点就是皇权的恢复。自司马睿开国江左、与琅琊王氏“共天下”以后，东晋皇帝“虽有南面之尊，无总御之实，宰辅执政，政出多门，权去公家，遂成习俗”[19]，这就是所谓的门阀政治。七十年来，琅琊王氏、颍川庾氏、谯国桓氏、陈郡谢氏相继粉墨登场，左右朝政，架空皇帝。孝武帝之父简文帝司马昱临终时，甚至都萌生了放弃天下、让与桓温的念头，可见司马氏皇权已跌落到谷底。孝武帝即位后，谢安为代表的陈郡谢氏当国，孝武帝也只能“富于春秋，政不自己”。淝水之战后，孝武帝展开了对皇权的伸张，几乎不费吹灰之力，就在短短几年间排挤了陈郡谢氏，成功实现了“威权己出”。孝武帝之所以能迅速冲破门阀政治的格局而恢复皇权，主要原因并不在于他自己的能力和才干，而是因为士族门阀日趋没落，到此时人才已凋零殆尽。正如史学家祝总斌所说：“掌握东晋政治军事大权的高级士族开始有王导、王敦，其后有庾亮、庾冰，再后有桓温，而到孝武帝时，却没有这样一些可以左右政局使君主俯首听命的人物了。”坐镇荆州的桓冲没有其兄的能力与威望，且在淝水战后不久死去；谢安虽对淝水之战的胜利立下汗马功劳，但在战后就屡遭谗毁，处于功高不赏的尴尬境地，再加上他本人仍不失名士风骨，不愿兵戎相见，遂主动交出权力。孝武帝正是抓住了士族门阀无人的机会，恢复皇权终见成效。

孝武帝伸张皇权，主要依靠的是胞弟琅玡王司马道子，他任用司马道子来取代谢安的地位，进而巩固了司马氏的皇权。孝武帝对于另一宗室谯王司马恬也“深杖之”。此外，孝武帝还大力提拔儒学寒士，以排挤玄学士族，代表人物有徐邈、范宁、王雅、车胤等。孝武帝恢复皇权，为时人所瞩目，如范弘之致司马道子笺中说：“晋自中兴以来，号令威权多出强臣，中宗（元帝司马睿）、肃祖（明帝司马绍）敛袵于王敦，先皇（简文帝司马昱）受屈于桓氏。今主上亲览万机，明公（司马道子）光赞百揆，政出王室，人无异望……”。刘波上孝武帝疏则言：“往者先帝以玄风御世，责成群后，坐运天纲，随化委顺，故忘日计之功，收岁成之用。今礼乐征伐自天子出，相王（司马道子）贤俊，协和百揆，六合承风，天下响振……”。可见孝武帝确实达到了“亲览万机”、“礼乐征伐自天子出”的目标。

但是，孝武帝和司马道子并未能妥善运用权力，反而因其贪图享乐、沉溺酒色而使朝政日益昏暗。史称其时“会稽王道子倾弄朝权，其所树之党，货官私狱，烈祖（孝武帝）昏迷，不闻司败，晋之纲纪大乱焉。”另一方面，孝武帝和司马道子之间的矛盾日益加深，双方以其亲信抢夺地盘，形成“主相相持”的局面，尽管如此，正如史学家田余庆所言：“但有太后（李陵容）周旋制约，终于使孝武帝不废黜道子，道子亦不危及孝武帝。终太元之世，孝武帝与道子始终维持着虽相依维、复有矛盾的关系，这种关系，正是时局虽然纷坛坦迄无内战的原因之一。”然而，随着孝武帝突然遇弑，继位的晋安帝是智障人士，权力遂尽归道子父子，孝武帝遗留的矛盾迅速升级，加上桓玄为代表的士族门阀卷土重来、孙恩为代表的道教势力勃然兴起，很快引发了东晋末年的一连串内乱与混战，最后司马氏皇权与士族门阀在战乱中同归于尽。