698年，武则天在狄仁杰等人的劝说下，决定将政权归还给李氏，他让人接回了庐陵王李显。李旦看到这个形势，就再次主动请求将自己的皇储的位置让给李显，同年10月24日，武则天正式立李显为皇太子。李旦再次恢复做相王。

随后705年，宰相张柬之等人发动神龙政变，最终唐中宗李显再次登基，但是好景不长，李显又被自己的老婆韦皇后专权毒杀。随后韦皇后立温王李重茂为皇帝，以皇太后的身份临朝摄政，准备效法武则天篡夺李唐江山，当时李旦作为皇帝的叔父被封为太尉，同时与自己的妹妹太平公主一起成为韦皇后夺权的主要障碍。韦皇后决定将他们置于死地，但是 当时的兵部侍郎崔日用因为害怕，就私底下将韦皇后的密谋告诉了李旦的儿子李隆基。

同年7月21日，李隆基在禁军将领葛福顺等人的协助下，最终发动政变杀死了韦皇后，安乐公主和他们的党羽，随后将自己的父亲李旦迎入皇宫。这时候的李重茂迫于压力，也是一个聪明人，从头到尾就是傀儡，现在如果赖着不走也还是个傀儡而已，而且还可能性命不保，于是就主动请求让位，最终李旦在儿子李隆基和李成器的劝说下，接受了李重茂的让位，在7月25日在太极殿登基，第二次即位为帝，他登上承天门，宣布大赦天下。

李隆基并不是李旦的嫡长子，而李成器才是嫡长子，所以当时在立太子方面，李旦很是为难，但是最终他吸取了李渊的教训，在加上李成器也比李建成更加聪明，李成器主动找到老板请求放弃皇位继承，并且说：国家安定的时候要立嫡长子，国家动乱的时候要立有功的，这样国家才能长治久安。随后李隆基被立为太子。

随着李隆基的权势的逐渐增加，开始和姑姑太平公主发生了争斗，最终老子还是站在儿子一边，多次李旦公开支持李隆基。

公元712年9月8日，李旦因为彗星出现，再加上当时李隆基和太平公主斗的如火如荼，李旦也不想再出现个女皇帝，自然是全力支持自己的儿子，直接禅位于李隆基，自己做起了太上皇。

713年7月29日，李隆基为了彻底掌握皇权，抢先发动了先天政变，最终逮捕了太平公主的党羽并杀死，同时赐死了太平公主，李隆基才正式的完全的控制皇权。李旦也彻底放弃，不再过问。

如何死亡

公元716年，李旦在百福殿病逝，死的时候五十五岁。随后被安葬在桥陵，位于今天的渭南丰山。

历史评价

司马光这样评价他： 相王宽厚恭谨，安恬好让，故经武、韦之世，竟免于难。

作者评价

我的观点和司马公类似，李旦能再那么恶劣的环境下活下来，固然是靠李唐的余阴庇护，但是自己的为人处世相信也是有非常让人称道的地方，否则手下人为了他不惜破腹，这且是一个普通人能做到的。当然最终他在妹妹上面确实也是有他的责任，第一有武则天的榜样，必然会导致太平公主的内心有波动的，李旦没有及时遏制，所以让这个恶魔就在太平公主的内心成长，最终出现了的自己儿子和太平公主的一番恶斗。很是可惜！