于是魏忠贤多次矫诏排挤甚至诛杀东林党人，最终东林党人被整的死的死，丧的丧，要不就投降或者被罢免，让被稍微清廉的政治曙光再次被关闭。最终东林党的领导人如杨莲等都相继死在了牢房里面。着名的文人东林党的领袖之一当时的尚书顾宪成等人被罢免。

随后京城还发生建筑事故，紫禁城在修缮的时候，竟然脚手架脱落，三千工匠被摔成了肉饼，以至于朱由校不得不下罪己诏。随后1626年夏天江北、山东又出现了旱灾和蝗灾等。随后又发生大水，大江南北都民不聊生了。

如何死亡

1625年五月十八日，朱由校祭祀完毕后，在客氏和魏忠贤的陪伴下，在西苑游船戏耍又喝了点酒，于是到小船上去玩，结果一不小心给掉到水里面去了，差点被淹死。虽然被救起来，但是却被吓的半死。从此也落下了病根，身体慢慢越来越差，随后又听信一些道士的话，吃了一些所谓的仙药，最终得了肿胀病，逐渐浑身浮肿，卧床不起。

1627年，朱由校在乾清宫召见内阁大臣等说魏忠贤等忠心耿耿可以一起商议国家大事，同时预感到自己岁月无多，于是召见了自己的弟弟信王朱由检，说是将来要让他继位，随后在八月二十二日就在乾清宫驾崩，死后被安葬在德陵。

历史名人评价

清代学者赵吉士评判他：明熹宗天性极巧，癖爱木工，手操斧斫，营建栋宇，即大匠不能及。

作者评价

所以说人用错位置，危害是极大的，宋徽宗不做皇帝，他可能是历史上一个着名的文人，朱由校要是不做皇帝，专心研究木工说不定成为鲁班传人。可惜坐错了位置误国误己。