但是幸运的是，石村号上的另外一名幸存者，特伦斯凯恩博士联系上了主角，建议主角尽快将信标退换到伊吉斯7行星上，主角认为这个信标是用来组织尸变体首脑对于个体指示行动的信号。主角在凯恩等人的帮助下，成功的拿到了勇气号的能源核心，用来为石村号上一艘已经损坏了的穿梭艇提供能源，但是哈蒙德不幸的在夺取能源核心的过程当中被杀。

凯恩认为把信标送回到伊吉斯7行星上就可以终结者一切，主角同意了凯恩的想法，并且几乎修好穿梭艇之后就把信标送回去。谁知道一切都准备就绪的时候，丹尼尔斯却是突然叛变，杀死了凯恩博士并且抢走了载有信标的穿梭艇，独自逃走。

原来丹尼尔斯是政府高层派遣的特工，混迹在维修小队当中，目的就是抢走石村号上的信标，并且将信标带回地球。

丹尼尔斯逃走的时候透露出信标是几百年前在地球上发现的原版信标的复制品，原版信标被认为是外星生物之源，但是具体是什么交代的还是非常模糊。

只不过在伊吉斯7星球上所发生的一切都只是谋划好的实验而已。

此时，惊怒交加的主角得到了女友妮可的帮助，成功的利用石村号上的设备找回了穿梭艇并且抢回了信标，最后迫使丹尼尔丝用逃生系统逃离。随后主角成功的把信标送回到了它原本出土的地方。这个行动使得首脑平静了下来，但是却打乱了殖民地上空几英里处的一个中立控制系统，而她正吸附着一大堆的矿石，这将使殖民地在几分钟之内毁灭。

与此同时，丹尼尔丝再一次的出现，并且向主角播放了你可自杀的片段。主角这才恍然大悟，原来自己信号的女友早就已经死亡，在石村号上的一次次帮助自己的只是大脑当中的幻象，而这幻象正是在信标的影响下的产物，是信标指引主角将信标送回原本的地方。

故事的最后，发狂的首脑杀死了丹尼尔丝。主角拼尽全力干掉了首脑。

在卸载了信标之后，主角利用运输船逃离了殖民地。在飞船上正当主角取下头盔再一次观看女友所发出的视频影像的时候，旁边驾驶座的声响让主角侧头看了一眼，只见一个貌似妮可的变异体正向着主角扑了上来。